Rozwiązanie 1:

Hiszpańska inkwizycja działała, zanim rozpoczęła się reformacja, ponieważ  pierwotnie jej zadaniem nie była walka z protestantami, lecz kontrola nad hiszpańskimi żydami i muzułmanami, którzy przeszli na chrześcijaństwo. Poza tym walczyli z działalnością autorów niezgadzających się z oficjalną doktryną Kościoła, a także z duchownymi winnymi przestępstw seksualnych. 

Rozwiązanie 2:

Przyczyną funkcjonowania hiszpańskiej inkwizycji jeszcze przed reformacją jest to, że ta organizacja nie została powołana do walki z protestantami. Jej pierwotnym zadaniem było sprawowanie kontroli nad innowiercami w Hiszpanii. Wówczas byli to głównie żydzi i muzułmanie, także Ci którzy przeszli na chrześcijaństwo. Inkwizycja zajmowała się również zwalczaniem herezji oraz przestępstw seksualnych wśród duchownych.